Il 25 giugno 2003 i passeggeri hanno cominciato a usare la nuova aerostazione di Cagliari-Elmas, dopo tre anni e mezzo di lavori e un investimento di circa 75 milioni di euro. In attesa dell'inaugurazione ufficiale erano già operativi l'ampia zona check-in con 42 postazioni, i pontili mobili per l'imbarco e lo sbarco e i servizi essenziali; negozi, uffici e spazi esterni sarebbero stati completati nei mesi successivi.
Il terminal, su livelli distinti per arrivi e partenze e con 32 mila metri quadrati coperti, era progettato per quattro milioni di passeggeri l'anno, il doppio del traffico del 2002. Lo scalo era gestito dalla SOGAER, società a maggioranza della Camera di commercio di Cagliari.
È lo stesso terminal di oggi, che nel 2025 ha accolto oltre cinque milioni di passeggeri.